Первым делом покупаем сертификат или используем бесплатный (например, firstvds.ru предоставляет бесплатный DV сертификат Let’s Encrypt)

Настраиваем все на стороне сервера согласно инструкциям хостера.

Настраивается редирект с http на https

В админке Magento в Конфигурация - Общие - Интернет - Безопасное (и небезопасное) соединение пишем адрес сайта с https и ставим:

Использовать защищённые URL в пользовательской части - Да

Использовать защищённые URL в панели администрирования - Да

В Яндекс.Вебмастере идем в Индексирование - Переезд сайта, тыкаем в Добавить https и Сохранить

В robots.txt прописываем директиву host и sitemap с адресом с https

В Яндекс.Метрике прописываем дополнительные адреса с https для целей