Открываем имясайта/app/design/frontend/вашатема/default/layout/checkout.xml и закомментируем строки

block type="checkout/cart_coupon" name="checkout.cart.coupon" as="coupon" template="checkout/cart/coupon.phtml"/>
и
block type="checkout/cart_shipping" name="checkout.cart.shipping" as="shipping" template="checkout/cart/shipping.phtml"/>

Но, более правильный путь создать в папке вашатема (например, это rwd) папку для своих "заплаток", назовем ее, например, custom. И уже в ней создать подпапку layout, туда скопировать файл checkout.xml и там уже в нем комментить строки

При этом надо не забыть в админке Система-Конфигурация-Общие-Дизайн-Темы проставить во всех полях наше custom (а в Пакете стоит при этом rwd)

Да и не забыть почистить кэш